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La reine Marguerite de Valois appela d'abord auprès d'elle les Augustins déchaussés en 1608. En 1613 elle les remplaça par des Augustins réformés de la congrégation de Bourges, venus de Lagny. Par acte du 12 avril 1613 elle leur donna un terrain, avec promesse de faire édifier un monastère. Anne d'Autriche, nouvelle bienfaitrice du couvent, fit achever l'église de 1617 à 1619, et commencer les bâtiments monastiques le 27 juillet 1619. Ce fut un riche couvent, avec 45145 livres de revenus apportés par la location de plusieurs immeubles – Il restait 19 religieux lorsque le couvent fut fermé en 1790. Alexandre Lenoir y abrita aussitôt son Musée des monuments français, puis en 1816 on y installa l'école nationale supérieure des Beaux-Arts. L'église est devenue un musée.