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Depuis le XIIe siècle un autel paroissial dédié à Saint-Gilles était réservé aux fidèles dans l'église du monastère Saint-Magloire. En 1230 une chapelle extérieure au monastère fut édifiée à l'emplacement de l'église actuelle (dont la construction débute en 1319). Le vocable de Saint-Leu aurait été joint à celui de Saint-Gilles au XIIIe ou XIVe siècle – La chapelle Saint-Leu-Saint-Gilles ne fut canoniquement érigée en église paroissiale qu'en 1617 pour des motifs de commodité administrative. Pourtant dès le XIVe siècle sa vie paroissiale était devenue si importante qu'elle avait fini par supplanter Saint-Barthélémy, la paroisse voisine. En 1793 la paroisse disparut et l'église fut vendue. La paroisse fut réinscrite sous le nom de Saint-Leu sur la nouvelle carte des paroisses de Paris de 1802. L'église fut rendue au culte en 1804.